curated_breast_imaging_ddsm

• Описание :

CBIS-DDSM (подмножество DDSM, разработанное для визуализации молочной железы) представляет собой обновленную и стандартизированную версию цифровой базы данных для скрининговой маммографии (DDSM). DDSM представляет собой базу данных 2620 отсканированных пленочных маммографических исследований. Он содержит нормальные, доброкачественные и злокачественные случаи с проверенной информацией о патологии.

Конфигурация по умолчанию состоит из патчей, извлеченных из исходных маммограмм в соответствии с описанием ( http://arxiv.org/abs/1708.09427 ), чтобы сформулировать задачу, которую необходимо решить в традиционной настройке классификации изображений.

• Домашняя страница : https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/CBIS-DDSM .

• Исходный код : tfds.image_classification.CuratedBreastImagingDDSM

• Версии :

  • 2.0.1 : Новый API разделения ( https://tensorflow.org/datasets/splits )
  • 3.0.0 (по умолчанию): улучшенная выборка обрезки ( https://github.com/tensorflow/datasets/pull/2502 )

• Инструкции по загрузке вручную : этот набор данных требует, чтобы вы вручную загрузили исходные данные в download_config.manual_dir (по умолчанию ~/tensorflow_datasets/downloads/manual/ ):
  Вы можете загрузить изображения с https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/CBIS-DDSM.

Поскольку для загрузки и чтения изображений, содержащихся в наборе данных, необходимы специальное программное обеспечение и библиотеки, TFDS предполагает, что пользователь загрузил исходные файлы DCIM и преобразовал их в PNG.

Следующие команды (или эквивалентные) следует использовать для создания файлов PNG, чтобы гарантировать воспроизводимые результаты:

find $DATASET_DCIM_DIR -name '*.dcm' | \
xargs -n1 -P8 -I{} bash -c 'f={}; dcmj2pnm $f | convert - ${f/.dcm/.png}'

Полученные изображения следует поместить в manual_dir , например: <manual_dir>/Mass-Training_P_01981_RIGHT_MLO_1/1.3.6.../000000.png .

• Автокэширование ( документация ): Нет

• Контролируемые ключи (см. документ as_supervised ): None

• Цитата :

@misc{CBIS_DDSM_Citation,
  doi = {10.7937/k9/tcia.2016.7o02s9cy},
  url = {https://wiki.cancerimagingarchive.net/x/lZNXAQ},
  author = {Sawyer-Lee,  Rebecca and Gimenez,  Francisco and Hoogi,  Assaf and Rubin,  Daniel},
  title = {Curated Breast Imaging Subset of DDSM},
  publisher = {The Cancer Imaging Archive},
  year = {2016},
}
@article{TCIA_Citation,
  author = {
    K. Clark and B. Vendt and K. Smith and J. Freymann and J. Kirby and
    P. Koppel and S. Moore and S. Phillips and D. Maffitt and M. Pringle and
    L. Tarbox and F. Prior
  },
  title = { {The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a
  Public Information Repository} },
  journal = {Journal of Digital Imaging},
  volume = {26},
  month = {December},
  year = {2013},
  pages = {1045-1057},
}
@article{DBLP:journals/corr/abs-1708-09427,
  author    = {Li Shen},
  title     = {End-to-end Training for Whole Image Breast Cancer Diagnosis using
               An All Convolutional Design},
  journal   = {CoRR},
  volume    = {abs/1708.09427},
  year      = {2017},
  url       = {http://arxiv.org/abs/1708.09427},
  archivePrefix = {arXiv},
  eprint    = {1708.09427},
  timestamp = {Mon, 13 Aug 2018 16:48:35 +0200},
  biburl    = {https://dblp.org/rec/bib/journals/corr/abs-1708-09427},
  bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org}
}

curated_breast_imaging_ddsm/patches (конфигурация по умолчанию)

• Описание конфигурации : патчи, содержащие как случаи кальцификации, так и массовые образования, а также пути без отклонений. Разработан как традиционная задача классификации 5 классов.

• Размер загрузки : 2.01 MiB

• Размер набора данных : 801.46 MiB

• Расколы :

• Структура функции :

FeaturesDict({
    'id': Text(shape=(), dtype=string),
    'image': Image(shape=(None, None, 1), dtype=uint8),
    'label': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=5),
})

• Функциональная документация :

• Рисунок ( tfds.show_examples ):

• Примеры ( tfds.as_dataframe ):

curated_breast_imaging_ddsm/original-calc

• Описание конфигурации : Исходные изображения случаев кальцификации, сжатые в формате PNG без потерь.

• Размер загрузки : 1.06 MiB

• Размер набора данных : 4.42 GiB

• Расколы :

• Структура функции :

FeaturesDict({
    'abnormalities': Sequence({
        'assessment': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=6),
        'calc_distribution': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=10),
        'calc_type': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=48),
        'id': int32,
        'mask': Image(shape=(None, None, 1), dtype=uint8),
        'pathology': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=3),
        'subtlety': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=6),
    }),
    'breast': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=2),
    'id': Text(shape=(), dtype=string),
    'image': Image(shape=(None, None, 1), dtype=uint8),
    'patient': Text(shape=(), dtype=string),
    'view': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=2),
})

• Функциональная документация :

• Рисунок ( tfds.show_examples ):

• Примеры ( tfds.as_dataframe ):

curated_breast_imaging_ddsm/original-mass

• Описание конфига : Исходные изображения массовых случаев, сжатые в PNG без потерь.

• Размер загрузки : 966.57 KiB

• Размер набора данных : 4.80 GiB

• Расколы :

• Структура функции :

FeaturesDict({
    'abnormalities': Sequence({
        'assessment': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=6),
        'id': int32,
        'mask': Image(shape=(None, None, 1), dtype=uint8),
        'mass_margins': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=20),
        'mass_shape': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=21),
        'pathology': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=3),
        'subtlety': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=6),
    }),
    'breast': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=2),
    'id': Text(shape=(), dtype=string),
    'image': Image(shape=(None, None, 1), dtype=uint8),
    'patient': Text(shape=(), dtype=string),
    'view': ClassLabel(shape=(), dtype=int64, num_classes=2),
})

• Функциональная документация :

• Рисунок ( tfds.show_examples ):

• Примеры ( tfds.as_dataframe ):